1883（明治16）年に金沢医学校の初代外科医長に木村孝蔵教授が任命され、一等教諭として本学の外科、当講座を開設した。1899（明治32）年、外科は二部に分かれ第一部長 木村孝蔵、第二部長 下平用彩となり、1902（明治35）年、下平用彩が教授、第一部長に就任した。
1923（大正12）年に 金沢医科大学が発足するとともに現在のような講座制がとられ、1925（大正14）年、石川昇が教授として赴任した。石川は肺結核に対して積極的に外科療法を導入し、本邦最初の胸郭成形術を行った。この時代に胸部外科を含めた近代外科学教室としての体制と内容とを具えての活動が開始された。
1938（昭和13）年、桂重次が教授として赴任、1941（昭和16）年、久留勝が教授として赴任し、癌の外科治療、中枢神経系の外科が盛んとなった。
1949（昭和24）年に金沢大学医学部外科学第一講座となり、1954（昭和29）年、卜部美代志が教授として赴任した。卜部は結核研究所臨床部教授も併任し、肺結核に対する肺切除を中心とした外科的治療を北陸に普及させた。この時代に呼吸器外科、心臓血管外科の基礎が築かれた。
1973（昭和48）年、岩喬が教授として赴任すると、心臓外科、呼吸器外科、消化器外科、血管外科の診療、研究が飛躍的に進歩した。1991（平成3）年には渡邉洋宇が教授に就任し呼吸器外科学を大いに発展させた。渡邉は肺癌の外科治療において気管支形成術、拡大リンパ節郭清、拡大合併切除の手術術式を開発した。また、肺癌治療において、本学で開発された溶連菌製剤（OK-432）を用いた免疫療法、自己リンパ球を用いる養子免疫療法の研究を推進した。
2000（平成12）年には渡邊剛が教授に赴任し、2001（平成13）年、名称も金沢大学大学院医学系研究科・循環医科学専攻・血管病態制御学大講座・心肺病態制御学講座となった。同時に附属病院での名称を心肺・総合外科とし、2008（平成20）年附属病院の臓器別診療開始に伴い、心臓血管外科、呼吸器外科、内分泌・総合外科の外来診療部門を担当するようになった。
2015（平成27）年、竹村博文が教授に就任し、名称を金沢大学医薬保健研究域医学系・先進総合外科学とした。
2020（令和2）年、本学の外科学再編に伴い、旧外科学第一講座、旧外科学第二講座が呼吸器外科学、心臓血管外科学、消化管外科学／乳腺外科学、肝胆膵・移植外科学／小児外科学の4講座となり、同時に附属病院も6診療科となった。
2023（令和5）年、松本勲が初代主任教授に就任し現在に至っている。
臓器移植・再建・再生、低侵襲手術、胸部悪性腫瘍制御、および新しい手術治療法・検査法の開発、を中心とした研究を行っている。また、他領域（医学、工学ほか）、他施設、企業との共同研究も盛んに行っている。
最近では、臓器移植・再建・再生分野では、グルタールアルデヒド固定を行った自己心膜による気管・気管支再建が可能であることを証明した。これを応用し、グルタールアルデヒド処理を行った自己心膜で作成した導管に生体内組織を誘導し気管再建を行う研究を行っている。また、不凍タンパクを用いた臓器保存の研究も進めてきた。低侵襲治療分野では、蛍光物質であるビタミンB2を用いた、肺区域同定法、肺マーキング法、気管支創傷治癒評価法の開発を行っている。胸部悪性腫瘍制御分野では、肺癌、胸腺上皮性腫瘍、悪性胸膜中皮腫などの悪性腫瘍進展のメカニズムの解明、新規治療法の開発、予後因子の探索に関して腫瘍内科、呼吸器内科と連携し研究を進めている。新しい検査法開発分野では、近距離無線通信を応用した肺腫瘍切除マージン画像化システムの開発を行い、保健学科と連携しX線動画装置を用いて呼吸器外科領域における各種病態の低侵襲評価法を開発し臨床応用している。
その他にも、化学療法や手術法に関して、JCOG（Japan Clinical Oncology Group）、WJOG（West Japan Oncology Group）など多くの多施設共同研究に積極的に参加し、また自施設での臨床試験を行い、臨床腫瘍学の領域に貢献している。
心肺病態制御学特論および呼吸器外科特論の講義を担当している。研究主題として、臓器移植・再建・再生、低侵襲治療、胸部悪性腫瘍制御、および新しい手術治療法・検査法の開発を中心とした世界に先駆けた研究を行っている。呼吸器疾患については、肺癌など胸部悪性腫瘍の発生、診断、治療の総合的知識を身につけるよう講義を行っている。臓器移植については呼吸器のみならず心肺移植に関する講義や研究指導を行っている。
外科学概論では、外科診療に必要な局所解剖、生理、病理を解説し、さらに最前線の臨床の現場を通して外科学、麻酔・蘇生学の一般知識を習得するよう指導している。当教室では、「肺癌外科治療概論」「縦隔腫瘍概論」の講義を担当しており、呼吸器外科、胸部外科に関する臨床外科学を概説している。
3年次から「呼吸器学：呼吸器の外科診療１、２」、「腫瘍学：呼吸器外科学 胸部腫瘍（肺、縦隔）」の講義を担当している。内容は呼吸器外科学の総論と各論、さらには腫瘍学について講義を行っている。4年次から「外科学臨床実習」を担当し講義と実習を行っている。4年次から5年次まで必修臨床実習としてコア・ローテーション、サブ・スペシャリティローテーションを、5年次から6年次前期までに選択臨床実習（インターンシップ）を担当し、実際の臨床を体験してもらい、医療技術を身につけられるよう講義と実習を行っている。
呼吸器外科では肺癌（原発性、転移性）を中心に、呼吸器外科疾患全般（気胸、縦隔腫瘍、納経などの漏斗胸手術など）を対象に年間300例程度の手術を行い、北陸随一の手術件数を有するとともに良好な手術成績をあげている。教室で推進してきた低侵襲手術の開発・工夫は着実に発展しており、各疾患の手術で内視鏡手術を追求し、単孔式胸腔鏡手術やロボット支援下手術を積極的に取り入れている。一方、椎骨合併切除や大動脈合併切除など拡大手術の開発も他科と連携し推進している。とくに肺癌治療においては呼吸器（腫瘍）内科、放射線科、病理部、理学療法部などの部門と連携し、化学療法や放射線療法を含めた集学的治療を行い、疾患に合わせた最高水準の適切な治療を提供している。また、中心型早期肺癌に対しては、手術治療の他に、内視鏡的レーザー治療、光線力学療法（Photo Dynamic Therapy）による治療も行っており良好な治療成績をあげている。さらに、気道狭窄に対しては症例に応じて内視鏡的レーザー治療、ステント治療を行っている。気管支鏡検査でも北陸随一の検査数を誇り、苦痛のほとんどない気管支鏡検査を実践している。
